Az MTA Rényi Alfréd Matematikai Kutatóintézet 2004. szeptemberében indította el az országos Bioninformatika Szemináriumot, elsösorban azzal a céllal, hogy az országban (és esetleg azon kívül) élö és dolgozó kutatók, oktatók és alkalmazók, akik bioniformatikával foglalkoznak, megismerkedjenek egymással. A szeminárium látogatóinak kezdeményezésére alakult meg 2006. december 8-án a Magyar Bioinformatikai Társaság.

A szeminárium helye a Rényi Intézet (Budapest, V. ker. Reáltanoda u. 13-15., térkép) nagy elöadóterme.

Következő előadásaink

2007. október 3. 10:00-16:00

A Magyar bioinformatikai társaság 2007. évi tudományos ülésszaka

10:00-11:00 ifj. Tusnády Gábor

TOPDB: Transzmembrán fehérjék topológia adatbázisa

A transzmembrán fehérjék fontos szerepet játszanak az élõ szervezet szinte valamennyi területén. Részt vesznek az anyagcsere folyamatokban, az információ áramlásban valamint az energia termelõ folyamatokban. Míg a genom szekvenálások által megismert szekvencia adatok azt mutatják, hogy az összes fehérje mintegy egy negyede transzmembrán fehérje, alig néhány száz transzmembrán fehérje szerkezetét ismerjük. Ezen fehérjék szerkezetérõl különbözõ fizikai kémiai kísérleti eljárások segítségével is kaphatunk információt. Ezeknek az adatoknak az összegyûjtésérõl és bioinformatikai módszerekkel való feldolgozásáról számolok be ebben az elõadásban.

11:00-12:00 Prohászka Zoltán

Orvosbiológiai adatbázisok kölcsönhatásokra kiterjedő elemzése

12:00-13:00 Ebédszünet

13:00-14:00 Kertész-Farkas Attila

Protein databases and similarity measures for protein classification

Abstract

Predicting the function or structure of proteins from their sequence is perhaps the most important task in genome sequencing today. This problem is approached either by inference based on sequence similarity, or by machine-learning based classification algorithms such as support vector machines or artificial neural networks. In the first part of the presentation I will talk about benchmark datasets and similarity measures used in protein classification. The second part of my presentation is an introduction to the use of the kolmogorov-compexity-based distance measures in protein sequence comparison. This measure is well-known from information theory (also known as "universal similarity metric" or "information distance") .

[1] Sonego, P, Pacurar, M., Dhir, S., Kertész-Farkas, A, Kocsor, A., Gáspári, Z., Leunissen, J.A.M., and Pongor, S. (2007) A Protein Classification Benchmark collection for machine learning, Nucl. Acids. Res., 35, D232-236
[2] Kertesz-Farkas A, Dhir S, Sonego P, Pacurar M, Netoteia S, Nijveen H, Kuzniar A, Leunissen JA, Kocsor A, Pongor S. (2007) Benchmarking protein classification algorithms via supervised cross-validation. J Biochem Biophys Methods. in press.
[3] Kocsor, A., Kertész-Farkas, A., Kaján, L. and Pongor, S. (2006) Application of compression-based distance measures to protein sequence classification: a methodological study. Bioinformatics, 22, 407-412

14:00-15:00 Csürös Miklós

Evolution of eukaryotic exon-intron organization

Abstract:

A hallmark of eukaryotic gene organization is the presence of spliceosomal introns, which are removed from the mRNA transcripts before translation intro proteins. Puzzling questions about the origins, evolution and function of introns can now be answered at least partially by using complete annotated genome sequences. I will review some recent results on intron evolution, including computational challenges and biological insights. Most notably, a picture unfolding from recent large-scale analyses show that introns are specific to Eukaryotes, were abundant at a comparable level to humans in early organisms, and numerous lineages underwent massive intron losses, whereas intron gains were prevalent only on deep branches.

15:15-16:15 Martin Tompa

Which Portions of Whole-Genome Multiple Alignments Are Reliable?
Whole-genome alignments are invaluable for comparative genomics. Before doing any comparative analysis on a region of interest, one must have confidence in that region's alignment. This talk presents a methodology to measure the accuracy of arbitrary regions of these alignments. We have applied it to the UCSC Genome Browser's 17-vertebrate alignment. We identify 9.7% (21 Mbp) of the human chromosome 1 alignment as suspiciously aligned. We present independent evidence that many of these suspicious regions represent misalignments. This is joint work with Amol Prakash.

2007. május 30. 13:00

Székely László
Evolúciós fák rekonstrukciója - egy matematikus szemével

A biológusok morfológikus karakterekbõl, mutációkból, a génsorrend valtozásaiból, és számos egyénb adatból probálják meghatározni, hogy milyen lehetett nehány - vagy éppen sok - vizsgált faj (vagy egyéb taxonómai egység) evoluciós fája.
Sok módszer és sok adatféleség van, es ezek nem adják ugyanazt az eredményt. Ezért szükséges a módszerek elemzése: biológia, statisztika, matematika, és számítastudomány természetesen szükséges, de ezen a területen az ismeretelméleti problémák is megkerülhetetlenek. Milyen módszerek kellenenek, milyen módszerek vannak, és milyen nyitott matematikai problemák vannak - errõl fog szólni az elõadás.

Czabarka Éva
Egy modell adatbázisokban való bootstrap-re

A bioinformatika alkalmazói gyakran kerülnek szembe a következõ kérdéssel: két algoritmus közül melyik keres hatékonyabban egy adatbázisban (pl. a BLAST éves új verziója kiadásánál). A kérdés eldöntésére számos információelméleti mérték áll rendelkezésre. Egy új algoritmus számos költséggel járhat (kódfenntartás, futásidõ, stb.), ezért célszerü a mért különbségekhez statisztikai szignifikanciát is rendelni. Ezt a szignifikanciát leggyakrabban a bootstrap alkalmazásával határozzák meg. Mindeddig azonban nem volt modell arra, hogy az adatbázis bootstrap milyen eloszlást probál modellezni. Ebben az elõadásban leírunk egy egyszerü és természetes modellt ami megválaszolja ezt a kérdést. A következõk bizonyithatók az adott modellel: a ROC[n] érték eloszlása normális, és a bootstrappelt érték eloszlása ehhez az eloszláshoz tart. Az eloszlás várható értékére és szorására konnyen számolható kozelítõ képlet van.
Közös munka John Spouge-dzsal.