Magyarországi bioinformatikusok által fejlesztett és karbantartott szerverek

AmphoraNet

AmphoraNet

Leírás:
Az AMPHORA2 metagenomikai analízis szoftver webszerver implementációja.
Fejlesztő(k):
Kerepesi Csaba, Bánky Dániel és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
ELTE PIT Bioinformatics Group & Uratim Kft.
AmphoraVizu

AmphoraVizu

Leírás:
Az AmphoraNettel és az AMPHORA2 metagenomikai analízis szoftverrel nyert eredmények vizualizálására szolgáló webszerver.
Fejlesztő(k):
Csaba Kerepesi and Balázs Szalkai
Intézet(ek):
ELTE PIT Bioinformatikai Csoport & Uratim Kft.
ANCHOR

Anchor: Fehérje kötő helyek becslése a rendezetlen fehérjékben

Leírás:
Az ANCHOR szerver segítségével azokat a kötő régiókat becsülhetjük meg, amelyek önmagukban rendezetlenek, de a szerkezettel rendelkező partnerhez való kötődés során rendezetlen-rendezett átmeneten mennek keresztül. Az eljárás energia becslésen alapul, és az aminosav szekvenciákat használja inputként.
Fejlesztő(k):
Dosztányi Zsuzsanna és Mészáros Bálint
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
BiSearch

BiSearch: primer tervező algoritmus DNS szekvenciákhoz

Leírás:
BiSearch egy primer tervező algoritmus, amellyel mind natív, mind biszulfittal kezelt DNS templátokra tervezhetünk primereket, majd un. ePCR segítségével tesztelhetjük, hogy a tervezett primerek milyen PCR terméket adnának a különböző genomi mintákon, azáltal elkerülhetjük a nem kívánt PCR termékeket.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor és Arányi Tamás
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
BRCS

Budapest Reference Connectome Server

Leírás:
477 humán alany konszenzus agygráfját lehet elõállítani, különbözõ paraméterk beállításával.
Fejlesztő(k):
Szalkai Balázs, Kerepesi Csaba, Varga Bálint és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
ELTE PIT Bioinformatikai Csoport & Uratim Kft.
Brownian Motion Simu

Brown mozgás szimulátor

Leírás:
3D Brown-mozgás szimulátor nano-biotechnikai felhasználásra
Fejlesztő(k):
Bánky Dániel, Tóth Árpád és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
Uratim Kft. & ELTE PIT Bioinformatikai Csoport
CCTOP

CCTOP: Kényszerített Konszenzus Topológia becslő szerver

Leírás:
A CCTOP szerver a transzmembrán fehérjék topológiáját becsüli 10 különböző becslő módszert, valamint a homológ fehérjékről a TOPDB adatbázisban található szerkezeti és kísérletes információt felhasználva.
Fejlesztő(k):
Dobson László, Reményi István és Tusnády Gábor
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
CMWeb

CMWeb: Kontaktus Térkép WebNézegető

Leírás:
A Kontaktus Térkép WebNézegető (röviden CMWeb) egy online eszköz, amit a fehérjékben található aminosav kontaktus párok és klaszterek vizsgálatára lehet használni.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor és Kozma Dániel
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
DECOMP

DECOMP

Leírás:
A program automatikusan szétszedi a PDB file-okat ligandumokra, ionokra és ko-faktorokra, és kijavítja a PDB-ben levõ hibákat.
Fejlesztő(k):
Ördög Rafael, Szabadka Zoltán és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
Uratim Kft. & ELTE PIT Bioinformatikai Csoport
HMMTOP

HMMTOP: transzmembrán hélix és fehérjék topológia becslése

Leírás:
A HMMTOP szerver a transzmembránfehérjék topológiáját becsli (azaz a transzmembrán hélixek számát és helyét az aminosav szekvenciában, valamint a közöttük levő szekvencia darabok membránhoz való viszonyát). A szerver egy nem felügyelt tanító algoritmust használ, és a becsléshez az aminosav szekvenciát használja inputként.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
IUPred

IUPred: Önmagukban Rendezetlen Fehérjék becslése

Leírás:
Az önmagukban rendezetlen/szerkezet nélkül levő fehérjéknek nincs önálló, jól meghatározott negyedleges szerkezete a natív, működő képes formájukban. Az IUPred szerver ezeket a régiókat ismeri fel az aminosav szekvenciákat felhasználva, a becsült párenergia tartalom alapján.
Fejlesztő(k):
Dosztányi Zsuzsanna
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
MetaHMM

MetaHMM

Leírás:
A program metagenomokban keres és talál géneket, rejtett Markov folyamatok segítségével.
Fejlesztő(k):
Szalkai Balázs
Intézet(ek):
ELTE PIT Bioinformatikai Csoport & Uratim Kft.
Nascent

Nascent

Leírás:
A Nascent fehérje-fehérje fizikai interakciós hálózatokat generál nem-modell organizmusokra génnév alalú, illetve szekvencia-hasonlóság alapú megfeleltetéssel.
Fejlesztő(k):
Bánky Dániel, Ördög Rafael és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
Uratim Kft. és ELTE PIT Bioinformatikai Csoport
PSA

Fehérje Szekvencia Analízis

Leírás:
A PSA egy számítógépes-játékszerû fehérjeszekvencia-keresõ, amelyben könnyen kereshetünk többszörös kijelöléssel is szekvenciákat.
Fejlesztő(k):
Bánky Dániel, Szalkai Balázs és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
Uratim Kft. és ELTE PIT Bioinformatikai Csoport
QuickKEGG

QuickKEGG

Leírás:
A QuickKEGG segítségével a KEGG adatbázis Reaction ID-jaihoz könnyen rendelhetünk UniProt accession number-eket.
Fejlesztő(k):
Iván Gábor, Ördög Rafael és Bánky Dániel
Intézet(ek):
Uratim Kft. és ELTE PIT Bioinformatikai Csoport
SCARF

SCARF

Leírás:
A SCARF (Simple Combinatorial Association Rule Finder) egy on-line asszociációs szabály-keresõ eszköz nagy adatbázisokban.
Fejlesztő(k):
Szalkai Balázs
Intézet(ek):
ELTE PIT Bioinformatikai Csoport és Uratim Kft.
SRide

Sride: Stabilizáló aminosavak azonosítása a fehérjékben

Leírás:
SRide szerver azokat a rezidumokat azonosítja, amelyek fontos szerepet jatszhatnak a fehérje szerkezet stabilizációjában.
Fejlesztő(k):
Magyar Csaba
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
SwissAlign

SwissAlign

Leírás:
A SwissAlign egy gyors Smith-Waterman szekvencia illesztõ eszköz.
Fejlesztő(k):
Iván Gábor, Bánky Dániel és Grolmusz Vince
Intézet(ek):
ELTE PIT Bioinformatikai Csoport és Uratim Kft.
TMDET

TMDET: Transzmembrán régiók azonosítása a 3D-s szerkezet alapján

Leírás:
TMDET a transzmembrán fehérjék membrán orientációját határozza meg a fehérjék térszerkezete alapján.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor és Dosztányi Zsuzsanna
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
TMFoldWeb

TMFoldWeb: Webszerver a transzmembrán fehérjék membrán szegmenseinek fold felismerésére

Leírás:
TmFoldWeb webszerver a transzmembrán fehérjék fold-ját egy a transzmembrán szegmensek szerkezetét figyelembe vevő staisztikus potenciál segítségével felismerő predikciós algoritmus.
Fejlesztő(k):
Kozma Dániel és Tusnády Gábor
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet